Das im 13. Jahrhundert erbaute Kloster war der heiligen Cäcilie geweiht. Hinter seinen Mauern wurde streng nach der Ordensregel der Klarissen gelebt: Armut, Demut, Gehorsam und Klausur.
Die Regeln, die Papst Innozenz IV. in seiner Bulle vom Herbst 1252 den Klarissen des Klosters der heiligen Cäcilie in Pfullingen auferlegte, waren geprägt durch das strenge Schweigegebot und die lebenslängliche Klausur einer radikalen Weltabgeschiedenheit.
Die Gründerin des Ordens und Nachfolgerin des heiligen Franziskus, Klara von Assisi (1193-1253), hatte ursprünglich andere Ideale: Sie wollte mit ihren Begleiterinnen wie die Franziskanerbrüder nach einem strengen Armutsgelübde nur von Almosen leben. Doch die Politik der Kirche zielte darauf ab, diese Frauen hinter Klostermauern einzuschließen. Es war ihnen verboten ein freies Wanderpredigerleben in Armut nach dem Vorbild männlicher Bettelorden zu führen. Die Klarissen waren, nach Klaras eigenen Worten „für die Welt begraben“.
Zwischen dem Zeughaus und dem sogenannten Windenhaus befand sich als Teil der Mauer das Sprechgitter aus perforiertem Eisenblech, das sogar mit Tüchern zu verhängen war, um jeden Blickkontakt zu vermeiden und die Stimmen zu dämpfen. Die Gesprächspartner standen im Freien und mussten sich nach oben recken, um dieses Redfenster zu erreichen, die Nonnen innen knieten davor, für sie war ein Sprechzimmer (Parlatorium) angebaut, wo bei jeder der selten erlaubten Unterredung zudem zwei Nonnen als Aufsicht saßen. Die Durchreiche mit den Stäben wurde wohl später in das Lochgitter gebrochen, zuvor geschah die Versorgung durch eine „Winde“, eine Drehlade für Waren, die auf beiden Seiten zu verschließen war. Für den seltenen Fall, dass Personen ein- oder ausgehen mussten, gab es ein Tor, das bei jedem Besuch durchbrochen und danach wieder zugemauert wurde, sowie einen nur über eine Leiter zu erreichenden Mauerdurchlass.
Wie die Klarissen im Kloster von Pfullingen lebten, lässt sich aufgrund ihrer Ordensregel – „ora et labora et lege“ – und dem detailliert festgelegten Tagesablauf analog den Benediktinern schließen. Zentral waren neun Gebete, Andachten und Gottesdienste auch während der Nacht. Gegessen wurde mittags und abends – außer an den zahlreichen Fastentagen im Jahr. Die Nonnen trugen Tonsur. Ihre Kleidung – Unterkleider, Mantel, Schleier und Haube – bestand aus rauem Tuch und einem Strick als Gürtel, sie gingen barfuß. Im Dormitorium schliefen die Nonnen – in der Blütezeit bis zu 60 – und die Äbtissin gemeinsam, das Lager bestand aus einem Strohsack, Kissen und einer Wolldecke. Persönlicher Besitz war nicht erlaubt, eine Privatsphäre nicht vorgesehen.